通知指出，农村义务教育学生营养改善计划实施以来，取得了显著成效，但仍存在一些问题。审计抽查发现，一些地区补助资金结存较多;在督导检查时也发现，一些地区由于营养改善计划地方试点工作启动不及时，学生流动以及实际在校天数小于补助天数等因素，也存在一定规模的结转结余，有的地方在责任落实、食品安全、实名制信息管理等方面还存在问题，影响了营养改善计划的实施效果。
在资金使用管理方面，通知明确，对于因学生流动或其实际在校天数与200天不一致等原因，，各地应进行分类处理。
通知还要求，各地建立涵盖信息采集、录入、审核、存储、变更、统计等环节的管理制度和精细化的管理机制，切实做好营养改善计划实名制学生信息管理工作。
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